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当前，美国蛋鸡业正处于鸡群保健和疫病相对平静的一段时期，由于没有流感问题，所以也没有进行相应的例行免疫。美国当前蛋鸡业面临的主要疾病包括大肠杆菌病、十二指肠局灶性坏死(FDN)、软骨病、传染性喉气管炎(ILT)和马立克氏病(MD)。值得庆幸的是美国2009年初危害非常大的传染性法氏囊病(IBD)没有像当初担心的那样向外扩散。除此之外，没有其他能引起高死亡率或严重生产损失的流行性病发生。大多数美国蛋鸡生产者都对MD、鸡传染性囊病(甘保罗病)、新城疫、传染性支气管炎、禽脑脊髓炎、禽痘进行例行免疫。根据养殖场的发病史和地理位置，有的养殖场还要免疫ILT、鸡毒霉形体病(MG)、大肠杆菌病、球虫病和传染性鼻炎。在整个产蛋周期内，蛋鸡死亡率保持在每周0.12％以内。对于高日龄鸡群，泄殖腔的物理性损伤(脱垂、啄癖和大蛋难产)可使死亡率上升至每周0.15％～0.20％。建议进行例行剖检和实验室检查以确定死亡原因，尤其是当死亡率超出正常范围时。
大肠杆菌性腹膜炎
多年以来，蛋鸡业一直将大肠杆菌性腹膜炎视为最难缠的死亡原因，典型症状是腹腔内蛋黄样渗出物堆积，伴随急性死亡，或体腔内脏上可见干酪样渗出物堆积的慢性病例。取新死鸡的新鲜病料细菌培养，可见大肠杆菌污染。在整个产蛋周期中，大肠杆菌性腹膜炎可引起两个蛋鸡死亡高峰，第1次是产蛋初期，在产蛋高峰期前；第2次是在产蛋后期，约在50周龄之后。大多数蛋鸡生产者认为，使用疫苗，同时通过升级通风、改善环境条件、在饮水中加入氯制剂，可降低该病在鸡群的发病率和严重程度。
传染性喉气管炎
许多未经免疫的美国蛋鸡饱受ILT之苦，因此现在农场主均采用单价或多价疫苗对鸡群进行例行免疫。在临床上很难将ILT与白喉型(湿痘)鸡痘对气管造成的损伤区分开来，因此在确诊并采取治疗或免疫措施之前，应对受损气管进行显微镜镜检。
对于活鸡胚源(CEO)疫苗，当其继续在鸡群之间扩散时，可在免疫鸡只和易感鸡只之间相互传播并有再次获得毒力的可能。因此，如果使用疫苗后对鸡只提供的保护力不均一，可能会导致疫苗反应过于严重且临床上频繁暴发该病。更安全的替代疫苗包括组织培养(TC)活疫苗，该疫苗未显示出有扩散和返祖的可能性，但在面对强毒株时一头份的该疫苗所提供的保护力通常低于CEO疫苗。这些技术相对领先的载体疫苗仅含有ILT病毒的部分基因，因此完全不会出现疫苗反应或返祖和扩散的可能。
十二指肠局灶性坏死
FDN是在美国蛋鸡发现相对较晚的疾病，与其他类型的肠炎相比损伤相对较小，围绕胰脏第一圈小肠黏膜上的病灶呈小黑补丁状(看上去像类似烟头的烫伤)。在死亡鸡只中该病症状很不明显，因此，必须立即宰杀发现有该病迹象的病鸡剖检，才能发现这些肠道症状。虽然该病不会引起鸡只死亡，但会使鸡蛋个头变小。目前，该病的病因仍不明确，怀疑可能与梭菌感染有关。抗生素，如泰乐菌素和杆菌肽素对该病有很好的疗效，有人建议采取竞争性排斥产品或联合应用益生素，其中益生素在降低该病的影响方面有一定效果。当鸡蛋个头变小或产量异常时，美国鸡蛋生产者越来越轻车熟路，总能及时对鸡群进行检测。
软骨病
软骨病通常是鸡只死亡的一个诱因，也许是对死亡鸡只例行剖检时恰巧发现患有软骨病。在某些情况下，软骨病可能是造成鸡群经济损失的主要原因。剖检主要症状有龙骨橡胶样弯曲，通常呈“S”型，肋骨弯曲，关节软骨膨大，长骨易断(当试图掰开髋关节时，大腿骨头断裂)。很明显，患病鸡群骨的矿化作用有所减弱，但尸检并不能辨别究竟缺乏钙、磷和VD3中的哪种物质。如果主要是钙或VD3缺乏，那么蛋壳也应该矿化不足，且很薄。对于为什么从脊柱和腿中重吸收矿物质会对一些蛋鸡产生如此严重的影响，我们仍不得而知。软骨病在临床上会导致轻度瘫痪，并发展成重度瘫痪、卧地不起，最后脱水而死。但大部分鸡只完全不受影响。蛋鸡大部分营养需求以g／只／d表示，且根据鸡群的品种和日龄调整。通过精确测定鸡只的饲料采食量，饲料中每种营养素的含量可被计算出来。例如，按照海兰W-36蛋鸡饲养管理指南中的饲喂建议量，26周龄蛋鸡每天需要消耗4g钙，每只鸡饲料消耗量为91g／只／d，那么饲料中钙含量应为4.4%(4.0／91×100％)，以满足蛋鸡的日常需要量。种鸡饲养管理指南描述的所有主要营养元素都可以应用这种方法计算。当在死亡鸡只中发现软骨病病例时，应对日粮中钙、磷和VD3含量进行检测，以确定饲料是否混合均匀且配比准确，还要对水质进行检测判断是否符合引用标准，包括水的pH值、硬度和电解质含量。
马立克氏病
早在20世纪80年代，MD已经成为美国蛋鸡业面临的主要疾病。当前，MD已被成功控制，这主要归功于目前使用的Rispens CVI-988 MD疫苗所提供的保护力。在海兰公司进行的攻毒试验显示，这种类型的MD疫苗比之前使用的HVT／SB-1二价苗可提供更好的保护力。仅仅使用疫苗并不会给将来的临床上的MD提供完全的保护，鸡群对该病形成免疫力之前感染MDV是该病暴发的原因之一。建议在该病高发地区采取全进全出的养殖方式。
对马立克病毒的抑制作用依靠功能健全的免疫系统，而免疫系统必须免于被甘保罗病(IBD)或鸡贫血病毒(CAV)所破坏。通过对育雏舍进行清扫和消毒，可使青年鸡群在被野毒感染之前产生疫苗介导的对MD和IBD的免疫作用。基本的饲养管理和生物安．全不到位可导致一系列的疫病问题(IBD→MD→死亡，生产效益差)，并使鸡只无法充分发挥其遗传潜力。