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微生态制剂以其良好的保健功能，无毒、低残留等特点在养殖业中得到广泛应用,是未来饲料添加剂发展的主流和趋势，但是在微生态制剂的使用过程中也存在着许多的问题，影响了微生态制剂的推广和使用。例如，不同菌种之间的相互作用关系不明、制剂后处理技术水平较低、菌种易失活（不耐抗生素）等等。具体如下：
1、生产技术要求较高，生产成本高
微生态制剂都是通过有着严格要求的发酵生产过程生产的，对于生产技术、生产条件都有很高的要求。因此，生产的难度很大,导致现阶段市场上的微生态制剂产品质量难以统一,甚至是同一品牌不同批次的产品质量都不能保证稳定。还有，部分微生态制剂处于复配和仿制阶段,没有自己的专利技术。产品技术服务不能很好的得到保障，导致在使用过程中不能提供相关的售后技术服务，使大部分养殖场和养殖户不愿意使用存在一定风险的微生态制剂。
另外，现在我国发酵产业较为分散，导致微生态制剂的发酵生产成本很高，再加上产品保存和其他费用，导致微生态制剂的成本远远高于现阶段使用的抗生素和生长激素，这也限制了微生态制剂的使用。
2、 产品标准不一，检测技术落后
我国现在有将近 200 家的微生态制剂制造厂家，但是我国的饲料行业还没有完全统一的技术规范标准和检测方法，导致微生态制剂行业管理困难。其主要表现在微生态制剂使用的菌种来源不一，卫生标准无法统一；产品生产、保存以及使用时活菌数量无法监控和保证，储存与有效期等无法判。而且，目前大部分的的监管机构检测技术和手段还不够完善，缺乏优秀的检测人员,造成市场上微生态制剂良莠不齐。因此,急需建立完善的微生态制剂的行业检测标准和相关的生产规范。
3、产品技术存在缺陷
随着我国农业化进程的加快，我国的动物养殖业开始形成规模化，越来越多的大型现代养殖场投入生产。而在这样的大型养殖场、动物的喂养饲料一般采用集团统一生产配送到各个养殖场，然后通过专门的饲喂机进行饲喂。因此，微生态制剂的添加过程必须在预混阶段添加，而一般的预混料生产过程都需要一个加热的过程。这对于现有的微生态制剂形成了一个技术挑战。现在市场上的大部分的产品，还不能有效的保证高温条件下仍保持有很高的存活率。如果可以有效的解决这个问题，必将有利于扩大微生态制剂的市场。
4、产品单一，缺乏针对性
现阶段市场上的微生态制剂大都还是以单一产品为主，缺乏针对于不同动物群体的不同产品，即使是有几种相关产品，也是由单一的产品进简单的调整转化而成。经有关科学研究表明，不同的动物种群内肠道的菌群还是存在这一定的差异性，而不同的菌群所使用的微生态制剂的量和种类也不尽相同，否则有可能会影响到自身的菌群的平衡，造成相反的作用效果。所以，开发更多适合针对性的微生态制剂是一个重要的发展趋势。
5、药物协同性
现在的动物养殖业主要以规模化养殖为主，一般情况下卫生情况较好，普通的疫情不会对动物产生较大的影响。但是，一般的动物在保育期和较为易感病期间都会使用一定的抗生素进行一定的疾病预防和健康强化。因此，如何避免和保证在使用抗生素期间不会出现生态制剂停用后的倒退和菌群数量的剧烈变化是考验微生态制剂质量好坏的一个重要因素。
2.6 产品的安全性
由于现在大部分的微生态制剂产品使用的生产菌种都是各自的技术选育而来，缺乏统一的标准和安全规范。所以，目前检测机构对于一些微生态制剂产品的监测结果还不能做出合理的判定。
饲料微生态制剂市场发展前景
行业内比较有名的有康地恩、宝来利来等公司，年销售额都在 2 亿元以上，其他较为知名的还有广州希普、广州骏泰生物、福建博大、陕西星星协力、上海创博、新疆天康、湖北安琪、四川平大、成都明智、沈阳升泰、河北华雨等，大多分布在山东、广东、四川等饲料养殖业比较发达的地区。根据目前国内年生产总量和猪、禽、反刍和水产动物的养殖总量来计算，国内微生物饲料添加剂的市场容量在 180 亿 ~200 亿元之间，目前市场推广普及率约为 10%，市场空间极大，产业发展前景十分广阔。
大型饲料企业开始纷纷抢攻微生态市场，目前进入微生态制剂市场的企业有六和、大北农、海大、恒兴等企业，这些企业有成熟的饲料销售渠道，背靠母公司的资金、人力优势迅速抢占微生态市场，发展势头十分强劲。
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