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长久以来，关于转基因的争论从未停止。首先因为这是一项新兴的学科，当然更重要的还是其关乎老百姓是否能够吃得安全。原本讨论只停留在人类使用转基因农产品是否有害的层面上， 但是随着转基因作物不可避免地被用作饲料原料， 畜牧业也不得不开始正视这个问题。于是便出现了两个明显对立的阵营，一个是所谓的“挺转派” ，另一个就是“反转派” 。“挺转派”学者全国政协委员、中国农业科学院植物保护研究所研究员彭于发表示，转基因在世界范围应用近 20 年，迄今为止尚未听说有人食用其产品后发现问题。大豆油、玉米油、菜籽油，我们已经吃了十多年，无法避免。实际上，这项技术从 1996 年应用到现在，每年已经有几十亿人在食用， 没有听说任何因为食用转基因产品发现问题， 或出现中途抢救、医疗事故的报道，实践证明转基因产品是安全的。另外，研究表明，如果能推广种植新一代转基因抗虫水稻，化学农药用量可以减少 40% ～ 50% 。至于转基因技术的推广问题，他认为，主要因素有 3 个，技术上要成熟，政府科学数据要公开，消费者要能接受。关键是要科学机构的管理评价都公开透明，比如进行了哪些试验，取得哪些数据，如何证明其安全性等。
“反转人士”崔永元则认为，转基因作物在中国以外的一些国家都存在很大争议。以美国为例，如果发现境内存在大规模种植转基因作物，不仅要把作物摧毁，而且种植的人也可能被逮捕问责。而在国内湖南、湖北、广西、吉林等地，都存在大规模种植的转基因玉米和水稻。但是，国家至今并没有批准种植转基因作物，现在批准的只是试验性的种植，并且种子不能外泄。全国政协委员、中央农村工作领导小组办公室主任陈锡文对此的看法是，转基因育种产品能否上市销售，必须经过极其严格的审核，只有确保它不会产生任何副作用时，才可批准上市，同时生产者要提供相关标示，让老百姓有充分的知情权。农业部对于转基因问题的态度明确。一是研究上要积极，坚持自主创新 ； 二是推广上要慎重，做到确保安全。中国是农业生产大国和农产品的消费大国，人多、地少、缺水、旱涝、病虫灾害频繁。为了保障粮食安全和重要农产品有效供给，出路就是必须走科技创新之路。这也包括要在转基因这项高新技术上占有一席之地，拥有自主知识产权。在监管方面，中国建立健全了一整套的适合国情并且与国际接轨的法律法规技术和管理规程，涵盖转基因的研究、试验、生产、加工、经营、进口许可和产品强制标识等各环节。转基因作物的制种、试验和种植，都要经过严格的程序批准，对违规销售、种植转基因作物，农业部将发现一起查处一起，决不姑息。而目前，中国政府批准种植的转基因作物只有棉花和木瓜，并没批准任何转基因主粮商业化生产。
其实，任何一项科学技术本身都是中性的，关键看怎么应用。对于“挺转”和“反转”的争论，信者恒信，疑者恒疑。生产者和监管者应该做的是，保证消费者的知情权与选择权，让老百姓自己去理解、去选择。
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