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畜牧业是阿勒泰地区的支柱产业，但制约新疆阿勒泰地区畜牧业向现代化转变的因素包括草畜矛盾突出，自然灾害影响等多个方面，综合分析如下：
草畜矛盾十分突出
阿勒泰地区畜牧业基本属于草地放牧畜牧业，生产活动历来就是逐水草而居、随季节四季游牧经营，具有强烈的规律性和对自然的依赖性，四季草场的均衡程度，草场的优劣、气候的好坏都影响草原生态环境。20 世纪 80—90 年代，由于盲目追求草原的经济功能和牲畜数量，掠夺性地使用自然草场，忽视草原的承载能力和生态安全，导致草原严重退化，生物多样性和植被覆盖遭到破坏，草原出现不同程度的退化、荒漠化和沙化。
目前，该地区可利用草原面积为 0．072 亿 hm2，天然草场理论载畜量为 1 473 万只羊单位，而实际载畜量为2 163 万只羊单位，严重超载达 31．9％，其中可利用夏牧场面积 101．6 万 hm2，可载畜 696 万只羊单位，现有牲畜 799 万只羊单位，超载率达21％，春秋牧场面积 260．27 万 hm2，可载畜335万只羊单位，现有牲畜 799 万只羊单位，超载464万只羊，超载率达 138％，冬牧场可利用面积345．53万 hm2，可载畜 442 万只羊单位，现有牲畜565 万只羊单位，超载 123 只羊单位，超载率达28％，以上各级草场退化率分别为 15％、60％及25％。可利用的 0．072 亿 hm2草场中 461．97 万亩退化，退化率达 71％，其中，严重退化面积达 40％，沙化面积 36．67 万 hm2，沙化率 5．03％，盐碱化面积30．6万 hm2，盐碱化率 4．23％。
同时，一片草场被作为春秋牧场，在春、秋季节两次被使用，过于挤用，且利用时间过长（即：春季利用时间为3月 20 日—6月 10 日、秋季利用时间为 9 月 20 日—12 月 5 日、共利用 155 d 左右），这是问题最突出的季节，尤其是春季刚萌发的青草被牲畜啃光后，不可再生，也就是对生态环境和草原植被生长影响最严重。
自然灾害对自然草原生态影响
近些年的连续旱灾，导致自然草原和河谷打草场严重缺水。据调查，这两年来该地区受旱面积已达 604 万 hm2，分别占土地总面积和草地总面积的51．2％和 61．36％，严重旱灾面积在部分地区达到80．29％。导致草原出现荒漠化和退化，优质牧草品种严重退化，产草量明显下降 35％～65％，草原资源严重减少、草场植被严重枯竭。随着旱情的加剧“草原杀手”毒害草又现身抬头，滋生蔓延，侵害优质牧草品种，2008年我地区毒害草发生面积已达111．93万 hm2，毒害草种类已达 18 种，这不但给我区畜牧业的健康发展带来一定的经济损失，严重发生区域 70．93 万 hm2，中毒死亡各类牲畜 2 590 头只，造成的经济损失达 715．15 万元，这事实上也成为生态环境恶化的主要原因一。2008 年我区蝗虫发生面积达 52．53 万 hm2，其中，严重受害面积达30．4 万 hm2，优势虫种有亚洲飞蝗、意大利蝗、黑条小车蝗等，严重区域虫口密度达 1 100～1 700 只/m2，平均密度为146只/m2。这几年来，亚洲飞蝗由哈萨克斯坦大量迁入我区吉木乃县严重威胁草原生态。鼠害发生面积达150 万 hm2，严重受害面积达79．3 万 hm2。
从夏牧场往远冬牧场分布的鼠种为草原旱獭、长尾黄鼠、鼹形田鼠、赫颊黄鼠、黄兔尾鼠、大沙鼠等，发生区域平均 3 只/m2，严重区域达 8 只/m2。据检测分析，一只旱獭能啃食牧草0．8 kg/d，这样从春季醒于冬眠至秋季返于冬眠，能啃食牧草 168 kg，一只草原长尾黄鼠能啃食牧草 0．1 kg/d，从春季至秋季能啃食牧草 68 kg，一只黄兔尾鼠啃食牧草 0．03 kg/d，一年能啃食牧草 11 kg 牧草，且在一些鼠洞密集区，洞洞相连使地表上的牧草及灌木被枯死，使受害区的产草量减少 40％～65％，成为破坏草原生态的大敌之一。
核定草原载畜量和草畜平衡制度落实难度大
这几年，由于农区养畜发展较快（农区牲畜已达106 万头只，占全区牲畜总数的 32%），农区牲畜被牧区牧民代牧，大量占用牧区草场 （特别是夏牧场），成为超载过牧的主要原因之一。虽然我区制定核定载畜量及“小畜换大畜、劣畜换优畜”制度，全面展开核定载畜量和草畜平衡工作。但农区小畜并未彻底减少，在转夏牧场时出现牧区牧民代牧农区牲畜的现象，牧区草场被农区牲畜占用，草原超载过牧导致草原生态退化恶化