猪博卡病的分子流行病学原理
黄律 中国农业科学院
翟少伦等在检测中国PBoV时发现， PBoV在有呼吸道症状的断奶仔猪中流行最高，但是在断奶前和死产的仔猪以及成年的种公猪、母猪中流行率较低。这说明断奶仔猪对PBoV易感，而成年猪不易感。Shan等在检测PBoV1和PBoV2时选取了90日龄以下的小猪，感染率在45%-75%。
2010年翟少伦等克隆了PBoV的部分VP1/VP2基因，经过序列比对及进化树分析表明其同源性很高（99%~100%）。Zeng等畜牧研究人员在对中国检测到的PBoV进行全序列分析后发现：PBoV 在核苷酸水平上与CnMV相似性为52–55 %，与BPV相似性为44–45 %，与GBoV 为50%以及和 HBoV为44–48 %，表明PBoV与 CnMV 更为接近。在氨基酸水平上PBoV的NS1蛋白与CnMV的NS1蛋白的相似性为42–43 %，与BPV相似性为 30–35 %，以及和 HBoV 为38–42 %；NP1蛋白与CnMV的NP1蛋白的相似性为37–40 %，与BPV为35–36 %， 和HBoV相似性为 28–36 %；VP1/VP2蛋白和CnMV的VP1/VP2蛋白相似性为44–45 %，与BPV 为30–33 %，与HBoV为 33–36 %。
Cheng等在发现了新型猪博卡病毒PBoV1和PBoV2，PBoV1和PBoV2之间的核苷酸相似性为94.2%。PBoV1和PBoV2的NS基因与CnMV、BPV (M14363)和 HBoV (DQ000495)相似性分别为45.0–45.2%、36.8–37.4%和42.2–43.1%；其NP基因与CnMV、BPV (M14363)和 HBoV (DQ000495)的相似性为45.1–48.9% 41.7–42.2%和45.2–47.4%；VP基因的相似性分别为 56.5–56.8%、45.9–47.0%和 51.7–51.8%猪博卡病毒6V、7V与PBoV1、PBoV2之间的相似性仅为53.9–55.6%和41.9–43.3%。6V和7V 的VP1蛋白在氨基酸水平与MVC相似性为45.4–45.7%，与BPV相似性为44.1–44.5%与HBoV 相似性为43.1–43.3%；6V和7V 的NP1蛋白在氨基酸水平与PBoV1 和PBoV2相似性为33.1–35.6%，与PBoV-like的相似性为47.3–49.2%。
Cheung等获得的PPV4全序列进行分析后发现：PPV4的ORF1(NS)序列与BPV2的相似性最高，达到45.8%，与PBoV-like的NS序列的相似性仅为24.8–33.5%；PPV4的ORF2（VP）序列与BPV2的相似性最高，在氨基酸水平达到了24.5%的相似性，与PBoV-like的VP序列的相似性仅为18.7–20.3%；PPV4的ORF3(NP)序列不与任何序列有较高的相似性，其与PBoV-like的NP序列的相似性仅为4.9–11.2%。而张宏彪等对已经公布的各类博卡病毒全序列进行遗传分析，认为动物博卡病毒相当离散，而人博卡病毒则相对集中。
总之，已经获得6种博卡之间有联系，但是还是相差很大，不管从全基因组序列比较还是各个ORF分开进行比较，特别是PPV4，则是远离动物博卡病毒的特殊一类。
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