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畜禽粪便排泄物对环境的污染已经成为仅次于工业污染的第二大公害，据测算，一个万头猪场的排污量相当于一个 5 万～8 万人口的城镇生活废物的排放量。
气候变暖已成为威胁人类生存发展的全球性问题，众所周知，气候变暖主要是由于人类活动增加的温室气体排放引发的。这些温室气体主要包括二氧化碳（CO2）、甲烷（CH4）、一氧化二氮（N2O）和碳氟化合物等，而畜禽产业的排放超出了一般的估计
（1）CO2排放。据统计，工业革命前大气中 CO2浓度为280 mg/kg，然而到 2005 年这一数字已达到379 mg/kg。CO2排放成为影响气候变暖的第一要素，而来自畜牧业的CO2释放量占到了9%。
（2）CH4排放。大气中 CH4的浓度虽然只有1.7 mg/kg，但有研究表明，其造成的温室效应要比CO2大 25～33 倍，其对全球变暖的综合贡献率达到 19%，仅次于 CO2，而来自畜禽的 CH4释放量占到了总 CH4释放量的 37%，主要是由畜禽的呼吸和粪便产生。
（3）N2O排放。大气中 N2O的浓度远低于 CO2，但其对全球变暖的潜能是CO2的 296 倍。因此，N2O的微小浓度增加就可造成极大的影响，而来自畜禽养殖的 N2O释放量占到总 N2O释放量的 65%，主要是由畜禽粪便产生的
。
（4）水体的污染。畜禽粪便的直接排放，会造成水体的富营养化，渗入地下后造成地下水硝酸盐含量超标。来自国外的研究表明，造成水道污染因素的66%的氮和 78%的磷来自畜牧业，而淡水中磷和氮的过量是导致鱼类死亡、藻类繁殖的主要原因。
（5）大气污染。畜禽粪便在厌氧的条件下产生酸臭气味影响人类健康，释放的氨气是酸雨的主要诱因，而来自畜禽业的氨排放占到了氨总排放的2/3。
（6）人畜共患病。目前已知的由动物传染给人类的疾病有90多种，其主要的传播载体就是畜禽粪便排泄物。
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