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即使我们看不见临床变化，但干奶期还是会出现很多乳腺感染。这个情况在产犊后会很快发展，临床性症状的出现使我们能够发现它们。由于过渡期出现的能量负平衡，以及奶牛处在一个免疫失调的状态，临床乳房炎就会有更大的机会暴露出来。这个情况就迫使我们必须下定决心来最大程度地减少乳腺内感染。为了达到目的，必须做两方面的工作：预防新发感染和清理已经存在的感染。
干奶期的变化
尽管干奶期的乳房健康受到了一些挑战，但它也为乳腺上皮细胞的复原、增生和分化提供了一个机会。这个复原过程包括受损泌乳细胞的修复和新生泌乳细胞的生成，一个健康的乳腺是实现奶牛最大泌乳潜力的基础。由于干奶期不再挤奶，泌乳激素的生成减少，激发了泌乳细胞的程序性死亡。
干奶期乳腺的生理变化包括三个阶段：进化过程的启动，进化过程的稳定期和初乳的生成。
第一个阶段有很大风险，随着挤奶的中断，乳头导管可能在乳腺内的压力下保持开放，这就为新发感染的出现提供了一个通道。在稳定期，乳头导管角质塞的形成为预防新发感染提供了一些保护。但是，加拿大的研究人员估计，有6%～23%的乳头其角质塞的形成出现了长时间的延误。在初乳生成阶段，乳腺的分泌可能稀释了保护性因子如乳铁蛋白和活性淋巴细胞。如果有角质塞存在，角质塞也开始破解，导致另一个危险阶段的出现，即更多的细菌侵入和定植。
多重保护
乳腺的免疫系统也包括物理性屏障如：
（1）乳头括约肌和角质层；（2）乳腺分泌的可溶性因子如乳铁蛋白、防御素和其它一些补充物质；（3）粘膜的细胞性防御，如组织细胞和募集的淋巴细胞。多数情况下，一旦受到病原刺激，炎症防御系统就会募集血液的淋巴细胞来帮助清理病原微生物。但是，免疫系统的变化影响乳腺的防御效率。
产犊以后，奶牛所经历的免疫功能低下导致了炎症的失控，发病率增加，严重程度增大。泌乳不但有更大的营养需求，也导致激素水平的巨大变化，后者被认为与免疫反应的调控有关。
怀孕阶段，母牛的免疫系统就受到双重挑战：胎儿的生长和对外侵病原的反应。抵抗乳房炎所需的细胞介导的高度炎性反应被证明不利于胎儿的健康。这意味着母亲的免疫系统必须进行仔细调控。
尽管强烈的炎症反应会对怀孕的正常进行形成负面影响。母源免疫系统受到抑制，以及偏见性认为细胞反应容忍了孕体存在的认识是对母源免疫耐受的过度简单化。哺乳动物在怀孕期间的免疫调控是动态变化的，奶牛在怀孕的不同阶段对于传染病原的免疫反应也是不同的。
没有临床症状
干奶期的感染一般不会出现乳房炎的临床症状，即使泌乳期会出现强烈炎症反应的大肠杆菌也不会。这显示母源免疫调控和非泌乳乳腺内的免疫反应的关系是复杂的。曾经有很多尝试试图在干奶期给奶牛提供不同的产品来帮助奶牛的免疫反应。最近，市面上出现一个产品叫牛粒细胞群刺激因子制剂，它是一种细胞因子免疫调节剂，被证实能诱导中性粒细胞的生成。该产品还能调节面对病原挑战时中性粒细胞的天然活性，特别是产犊以后。研究发现临床乳房炎的发病率会减少。
同样，在干奶期被广泛使用的大肠杆菌乳房炎疫苗能降低产后临床乳房炎的严重程度。现代奶牛比她们的祖辈生产更多的牛奶。最近《奶牛科学杂志》上的一篇文章说1975年一头奶牛干奶时可能只生产10公斤牛奶，而2012年一头奶牛可能在生产25公斤牛奶时突然干奶。这些作者认为现代生产条件下的突然干奶以及随后的进化过程对于奶牛福利而言可能不是最好的，因为可能导致疼痛。
然而，处于奶牛福利方面的考虑，可以通过限制饲喂来降低干奶时的牛奶产量或者减少挤奶次数来完成干奶。奶牛干奶时过高的牛奶产量对于预防新发感染也是一个挑战。
加强免疫功能
奶牛的营养状况和免疫功能之间有相互关系。微量元素硒和维生素E等营养元素很早就被发现能够改善动物的免疫功能。以前有段时间还认为干奶期在日粮中提供更多的可代谢能量来限制能量负平衡的影响。而目前我们提倡不要过度饲喂干奶牛，会有很多的代谢性好处，包括控制酮血病。事实上，控制干奶期日粮中的能量对于奶牛健康和生产效率有很多好处。由此想到泌乳早期血液中的酮体导致的免疫抑制，这些代谢性因子被认为能增加乳房炎的易感性。这个情况多数是由血液中β-羟丁酸的浓度升高直接造成的。
目前的奶牛养殖业必须谨慎使用抗生素，又不要造成经济和奶牛福利方面的太大影响。通过管理实践和诊断手段的介入，我们可以在干奶期能够预防新发感染和治愈一部分已经存在的感染。在将来的专栏中，我们将会讨论选择性使用抗生素是否是一个可行的办法。那些已经取得不错乳房健康的奶牛场可能会考虑和他们的兽医一起制定干奶期选择性使用抗生素的治疗方案， 但那仅仅是在其它重要的乳房健康问题得到很好控制的前提下。
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