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简介：派森诺生物与常熟理工学院顾志良教授携手合作，采用Illumina Miseq高通量测序平台对鸡肝细胞样品分别进行转录组测序和small RNA测序，研究生长激素（GH）刺激鸡原代肝细胞后，鸡原代肝细胞中mRNA和miRNA的表达情况，通过差异基因和差异miRNA的分析，揭示GH除促进个体的生长之外，还能调节肝脏中的脂质代谢。
派森诺生物与常熟理工学院顾志良教授携手合作，应用转录组测序和small RNA测序的方法，对GH刺激鸡原代肝细胞后，鸡原代肝细胞中mRNA和miRNA的表达情况进行研究，揭示了miRNA与靶基因之间的调控关系。研究成果《Growth Hormone-Regulated mRNAs and miRNAs in Chicken Hepatocytes》于2014年11月发表在《PLOS ONE》上。
研究者选取4周龄大小的母鸡为研究对象，分离培养鸡原代肝细胞，分别用GH和PBS处理鸡原代肝细胞后进行转录组测序和small RNA测序，进而研究体外条件下GH对鸡肝细胞基因表达的影响。研究发现GH除了能够促进个体生长之外，在肝脏脂代谢过程中也有非常重要的作用。GH通过调节母鸡肝脏中脂代谢相关的mRNA和miRNA的表达来调节脂代谢。
转录组测序结果： GH处理和PBS处理的鸡原代肝细胞分别得到13,638,494和7,473,018条高质量序列，通过基因组比对，发现分别有75.64%和78.23%比对到参考基因组上。在鸡原代肝细胞中共发现有16,736个基因表达，通过差异基因分析，发现164个差异表达的mRNA，其中GH处理之后，在鸡原代肝细胞中有112个上调基因和52个下调基因。研究者随机选取了39个基因进行RT-PCR，转录组差异基因分析结果与RT-PCR结果一致，证明转录组差异基因的分析是可信的。
Small RNA测序结果：GH处理和PBS处理的鸡原代肝细胞分别得到2,144,128和5,240,376条高质量的序列。与miRBase数据库比对得到225个已知的miRNA，其中PBS处理的样品有219个，GH处理的样品有206个。预测得到95条新miRNA序列，其中PBS处理的样品中有93个，GH处理的样品中有73个。
研究者通过转录组测序得到164个差异表达基因，这些差异基因主要注释到脂质代谢相关的GO功能，其中注释到脂质代谢GO功能的PNPLA4基因与之前在哺乳动物中发现的脂质代谢相关基因PNPLA3是同源基因。另外，差异基因映射到KEGG代谢通路，大部分映射到新陈代谢相关的通路，主要以脂代谢为主。如FABP1基因是一个重要的脂质相关的基因，它在GH处理样品中表达量显著上调。
Small RNA测序分析结果显示鸡原代肝细胞中表达量最多的是gga-miR-148a，这个miRNA之前在猪的肝脏研究中已经有报道，所以miR-148a可能在肝脏组织中有非常重要的作用。另外，研究者还发现许多差异的miRNA序列作用的靶基因也和脂质代谢相关。例如miR-15b作用于脂代谢相关的靶基因，如ACSL3, LIPG, PLCD1, PPAP2B 和STAR，它主要诱导甘油三酯的储存。研究者预测miR-15b在鸡肝脏脂代谢过程中有非常重要的作用。
该研究主要比较了有无GH处理的鸡原代肝细胞中mRNA和miRNA的表达，发现了GH在鸡原代肝细胞中调节的mRNA和miRNA，并且得到了miRNA与靶基因之间的调控关系，为后续研究提供了一定的理论基础。本次研究的测序工作是由上海派森诺生物科技有限公司协助完成。
