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一、互作转录组简单说明
真核细胞宿主可被多种生命体感染，从病毒到细菌，再到真菌和原生动物等寄生生物。对宿主和病原体同时进行无偏的、全局性的转录组分析能够鉴定病原体中新的毒力因子，以及宿主细胞响应特定病原体或病原体相关分子模式（PAMPs）的新通路，从而为理解感染这一过程提供新的视角。
二、方法与应用
（一）病原体的RNA-seq
早期的RNA-seq通常仅在没有宿主存在的情况下对一些重要病原体的转录组内容和性质进行描述，以改善病原体基因组的注释。然而，明显地，动物宿主中的环境与体外模型中的环境有很大的不同，基因表达也是。因此，为了理解在宿主环境内的情况，也有将致病菌从感染的宿主中分离并进行RNA-seq的例子。在一个霍乱弧菌感染兔盲肠和鼠肠道的研究中，作者对感染的细胞混合物进行total RNA的抽提，然后使用Invitrogen的MICROBEnrich kit和MICROBExpress kit分别富集细菌的total RNA和mRNA，进行链特异性的转录组测序（Mandlik, A. et al. RNA-seq-based monitoring of infection-linked changes in Vibrio choleroe gene expression. Cell Host Microbe 10, 165-174(2011)）。
（二）宿主的RNA-seq
RNA-seq集中于RNA加工程度和RNA修饰类型的检测，两者都在感染过程中起着重要的作用。对可变剪接位点的研究分析显示~95%的多外显子基因均存在可变剪接，导致~100,000种高度丰富的剪接事件。一些mRNA甚至包含10个以上编辑位点。大部分位点为发生在内含子中的A到G替换，也有一部分在基因的3’UTR区。3’ UTR位点的进一步分析显示其中20%改变了miRNA的假定目标位点。这表明RNA编辑在人基因表达调控中有着比之前预期的更主要的角色，而RNA-seq可用于阐明其在感染过程中的作用。
传染生物学方面，几乎还没有关注于哺乳动物宿主细胞对感染的响应的RNA-seq研究报道。然而，RNA-seq特别是Dual RNA-seq在哺乳动物感染反应方面的常规应用肯定会为感染过程的研究提供一个新的激动人心的视角。
（三）病原体和宿主Dual RNA-seq
迄今为止，转录组研究主要集中在宿主或病原体其中一种上，而对感染过程的深入理解需要对两者同时分析。早期已有一些研究基于杂交或标签的方法，但问题很多。随着灵敏度和深度的增加，RNA-seq成为更合适的方法。第一个Dual RNA-seq的研究例子是对白色念珠菌和鼠树突状细胞宿主的转录组分析（Tierney, L. et al. An interspecies regulatory network inferred from simultaneous RNA-seq of Candida albicans invading innate immune cells. Front. Microbiol. 3, 85(2012)）。尽管测序深度不高（5个时间点的rRNA去除的文库，产生~120M 36bp reads），但仍结合之前的文献资料，推定了种间调控网络中少数候选基因。
三、送样要求
客户需提供提取好的total RNA 样品，我们即可提供测序、建库服务、
四、派森诺提供的生物信息分析内容
可提供的分析内容：mRNA、miRNA、LncRNA 三个层次。
例：选择mRNA分析，可得到的结果为：病原物的基因表达情况；宿主的基因表达情况；病原物和宿主的相互作用关系。