派森诺携手苏州大学医学院共同探究:中华按蚊转录组测序
派森诺生物与苏州大学朱国鼎老师携手合作,应用转录组从头测序方法,首次对昆虫中华按蚊进行了基因转录水平的研究,揭示了其对化学驱虫剂拟除虫菊酯的抗性机制。第一作者朱国鼎和通讯作者高琪等关于中华按蚊转录组测序的研究成果《Transcriptome profiling of pyrethroid resistant and susceptible mosquitoes in the malaria vector,Anopheles sinensis》于2014年9月发表在《BMC Genomics》上。
研究人员以4个不同区域、不同发育时期的中华按蚊为研究对象,利用Roche 454 GS FLX+平台进行高通量测序,得到了624,559条高质量的reads,经过序列组装拼接得到33,411个contigs(平均长度为493bp);通过GO、KO和KEGG注释总共获得8,057个EST序列,其中在抗拟除虫菊酯中华按蚊和不抗拟除虫菊酯中华按蚊中共同表达的有2,131条ESTs;通过KEGG Pathway分析,发现有294个ESTs参与了代谢通路;本研究同时还在转录组水平获得了2,408个SSR和15,496个SNP分子标记。结果说明:这些unique sequences参与次级代谢途径,这将有助于解析中华按蚊抗拟除虫菊酯的解毒分子机制,并有利于害虫的防治和疾病的预防;同时该研究收集了中华按蚊表达的最丰富的EST,说明利用Roche 454 GS FLX +平台可以快速而有效地获取中华按蚊的转录本信息,该ESTs数据库将为中华按蚊的分类学和次级代谢途径的研究带来重大的便利。该研究的高通量测序和信息分析由上海派森诺生物科技有限公司协助完成。
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关于派森诺生物
派森诺生物科技有限公司是一家专门从事基因组序列测定和解析工作的高科技企业。公司拥有Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq™、Illumina HiSeq™2500、Ion Proton™等最新款高通量测序平台和相关仪器设备,同时拥有一支高水平的基因测序合成、新产品研发和生物信息分析团队。公司致力于为生物、农业、医药、环境等领域研究人员提供动物、植物和微生物样品提取检测、文库构建、序列测序、生物信息分析和指导文章写作等一站式服务。公司的宗旨和使命是“解析序列,诠释生命”。
原文索引:
Zhu G, Zhong D, Cao J, et al. Transcriptome profiling of pyrethroid resistant and susceptible mosquitoes in the malaria vector, Anopheles sinensis[J]. BMC genomics, 2014, 15(1): 448.
文章链接:http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/448/
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